Los salarios se definen en bruto. La carga fiscal (IRPF) y de SS lo define la norma y por tanto, de ello dependerá el neto resultante, no de pacto.
Definir retribución en neto, por aquí nos toca recordarlo frecuentemente, es todo un despróposito.
Lo de si te beneficia o perjudica (que no es la cuestión, puesto que sea una cosa o la otra, sigue siendo una práctica anómala), depende. Pero imagina que por ejemplo empiezas a tener más hijos, o te reconocen una minusvalía (que no te impide seguir con tu actividad actual), el IRPF te debería bajar, y por tanto, a igual salario bruto te aumenta el neto, pero como has pactado un neto, sigues cobrando el mismo importe, y el ahorro de ir aumentando tu familia o de tu discapacidad es para la empresa o jefe.
En sentido contrario, por ejemplo de forma pregresiva se van a ir incrementando las retenciones de SS (cuota de empresa y del trabajador), ahí, para mantener el mismo neto, es cierto que la empresa deberá incrementar tu bruto (mayor coste para la empresa).
Pero tú también por ejemplo puedes solicitar una retención del IRPF mayor que la que te corresponde (menor no pero mayor sí puedes) y la empresa está obligada a atender tu petición, lo que supondría para la empresa incrementar tu bruto (tu neto seguría siendo el mismo pero te encontraría scon una suculenta devolución de Hacienda al hacer la declaración).
Lo dicho, un despropósito. Trata de resolver con tu empresa cuál es tu salario BRUTO real, y a partir de ahí aplicar las retenciones que correspondan.