Si, pero depende del dia del mes en que hagas el alta. Si estas pasado ya de día 13,14 y a partir del 15 que es cuando ellos tienen el tope paras las docmiciliaciones del mes lo que harán automáticamente es pasarle el recibo de ese mes en que lo das de alta al mes siguiente, incluso te sale un aviso al final del todo que te lo indica ...
Por ej si das el autónomo de alta en sistema red (o con su certificado digital) el día 23 de Septiembre, ya estaría pasado de fechas de domiciliaicón así que le cargaran la cuota del mes de Septiembre junto con la del mes de Octubre.
un saludo!