No, no hay ningún problema.
De hecho, si los horarios son compatibles, es posible estar dado de alta en varias empresas a la vez (pluriempleo). Com más motivo si sie plemente se trata de solape con la situación asimilada al alta durante el periodo de cotización por vacaciones devengadas y no disfrutadas al causar baja de la empresa.
En lo único que habrá que reparar es en el posible prorrateo de bases si entra ambas cotizaciones se superan los topes.
Saludos