Hola, lo que tienes que ver, como te dice Fernando, es si esos atrasos afectan a la base que se tomó para el cálculo de la prestación.
Si fuera así, no tienes que pagarle tu atrasos a esta chica, pues estaba en pago directo, tienes que realizar la cotización de la diferencia de la base que resulte y darle nuevo certificado de empresa para que pida ante la mutua que le abonó esa prestación los correspondientes atrasos o diferencias.