Efectivamente si tiene deuda no tiene derecho a bonificaciones.
Entre otras normativas lo puedes ver en el art 13.2 e) de la Ley 38/2003 General de Subvenciones
"2. No podrán obtener la condición de beneficiario o entidad colaboradora de las subvenciones reguladas en esta ley las personas o entidades en quienes concurra alguna de las circunstancias siguientes, salvo que por la naturaleza de la subvención se exceptúe por su normativa reguladora:
e) No hallarse al corriente en el cumplimiento de las obligaciones tributarias o frente a la Seguridad Social impuestas por las disposiciones vigentes, en la forma que se determine reglamentariamente."