Debe haber alguna anomalía, porque es correcto seguir aplicando las bonificaciones en las liquidaciones complementarias de vacaciones.
Mira por lo tanto otras cuestiones que incidan en la aplicación de las bonificaciones, como son pagar en plazo reglamentario, tener grabado el periodo de vacaciones o bien comprobar el periodo a bonificar inicialmente reconocido.
Saludos.