En principio la baja médica no significa que el contrato finalice y que por tanto tengas que darle de baja laboral en la empresa. Es sólo una suspensión de la relación laboral que obliga a mantenerla de alta y seguir cotizando por ella.
Entonces, bajo este criterio general, el hecho de realizar una sustitución incorporando a una nueva trabajadora, no afecta para nada en sus bonificaciones.
Saludos.