Hola,
Aunque el código baja Seg Social 51 parece incorrecto, por ser baja voluntaria, si después se comunica el certif empresa con el código 31, no hay problema alguno en que el trabajador tramite su prestación por desempleo.
Estos códigos 51 y 31 constan en anteriores posts, y he cursado varios de esta forma en los últimos meses, siempre con prestación por desempleo, y ninguna incidiencia.