Para acudir a las "medidas alternativas" debes obtener antes el certificado de excepcionalidad.
Si resulta que lo has solicitado y puedes contratar a un discapacitado, obviamente no tendrás ningun problema y es que justo ese el el fin básico que se pretende. Nunca una medida alternativa te puede impedir que cumplas directamente con el 2% de empleados discapacitados que exige la LISMI.
Saludos