En efecto, estimado compañero Sergio, como indica 
@Fernanda, la transformación (mecanizando una mera variación del dato del campo "contrato de trabajo" en RED) que te permite mantener la bonificación que ya consta desde el alta originaria, a efectos de Tesorería, puede realizarse en cualquier momento anterior a la finalización de la duración aplicable al contrato temporal o sus prórrogas.
Es más, una baja y posterior alta en simultáneos días, podría volver el asunto más problemático, puesto que una posibilidad es que tales movimientos no se considerasen como una verdadera transformación -en caso de una actuación revisora- y, entonces, existiría también el riesgo de que se aplicase la exclusión el art. 6.1.c) de la Ley 43/2006, que sigue regulando las bonificaciones a la contratación de personas con discapacidad (DA 5ª RDL 1/2023 mediante), ya que establece limitaciones si han existido vínculos contractuales anteriores.
Por tanto, creo que lo más recomendable según lo que comentas es realizar la transformación en la fecha de finalización, ya que, considerando la subvención de la CA que indicas, junto a lo anterior también, es lo que más facilita ambos objetivos.
A efectos de la ITSS, siempre cabe salvaguardarse mediante la acreditación de la posible comunicación que se le puede enviar ya mismo a la persona trabajadora en cuestión, en la que se expliciten tales "objeciones" jurídicas que determinan la continuidad de la contratación vigente en este momento, pero indicándole asimismo que a la finalización será convertido en indefinido porque se entiende que forma parte de la "estructura personal fija" de la empresa.
Ánimo, espero haberte ayudado en algo. Un saludo.