Hola Argi,
La baja lo es a los exclusivos efectos de la cotización, con la clave 65 de baja en Sistema RED. Cuidado con esto porque a pesar de que la ley dice lo que dice sobre esto, hay sentencias que declaran que se ha producido un despido improcedente, por lo que es importante comunicar a la persona que la baja se produce a los exclusivos efectos de dejar de cotizar al amparo de la normativa legal de cobertura, sin que se produzca por ello la extinción de la relación laboral, continuando el contrato en suspenso hasta la ulterior declaración que proceda.
Imagino que el contrato de interinidad lo hiciste marcando la casilla genérica de sustitución de trabajador/a con reserva del puesto de trabajo, pues no hay una específica para la IT en estos casos, salvo personal con discapacidad. Con respecto a la llegada de los 545 días, ha de examinarse la situación de la persona en el plazo máximo de 3 meses para su calificación en la IP, pudiendo llegar, según el caso, a los 730 días. Hay una prórroga de los efectos económicos de la IT hasta entonces y subsiste la reserva del puesto de trabajo puesto que no puede producirse la reincorporación de la persona sustituida. Como mínimo, esperaría hasta la resolución de la IP.