En principio sí, pero ojo! que a nivel de cotización, al menos teóricamente, entiendo que debería hacerse una liquidacion complementaria prorrateando el importe entre todo el periodo de devengo (en este caso, solicitar ingresos indebidos por diferencias de cotizacion...), cosa que puede ser bastante complicada y que casi nadi hace. Pero vaya, tampoco veo correcto que se meta todo en la base de cotizacion del último mes y acabe reduciéndola de forma indebida (cosa que, en según qué casos, puede tener trascendencia a efectos de cálculo de prestaciones...).
A efectos de IRPF no tiene más problema. Se reduce la base por ese importe (y se regulariza, en su caso, el portcentaje de retención).
Saludos