Si, exacto, cuidado con los cálculos de A3, ya hace unos años que no lo utilizo pero recuerdo que te daba la opción (Dias N, Dias L..) pero debías tener informados los calendarios (eso explica esa diferencia que te da y que está claro no es correcta).
Entiendo que puede hacerse de las dos formas que habéis comentado, una, si por ej. al jornada semanal es de lunes a viernes, multiplicar los días hábiles de absentismo por 1.4 y considerar también el devengo (el no devengo, vaya) de la paga extra por esos dias.
Y otro, por horas (sobretodo si las jornadas no son regulares). Es decir, salario anual entre horas efectivas de trabajo teóricas anuales por las horas de absentismo.
Y a nivel de cotización, efectivamente, esos días por la base mínima.
Saludos