Por lo que comentas son dos SLU, es decir Sociedad Limitada Unipersonal, un socio, y el socio es el administrador de las dos entidades.
Pues bien, si que se pueden tener problemas si no se hacen las cosas bien.
Te tienes que regir por lo que dice el art.18 de la Ley del Impuesto sobre Sociedades. Operaciones vinculadas.
La facturación que se hace entre ambas entidades debe ser a precio de mercado y no ha un precio que mejore los resultados de una de las entidades. Me explico, por ejemplo la Sociedad A tiene pérdidas y la Sociedad B tiene beneficios, pues lo que no se puede hacer es hacer una factura de A ( mayor ingreso) hacia la Sociedad B ( para reducir el beneficio) a un precio que no se ajuste a la realidad, si las facturas se hacen a precio de mercado no hay ningún problema.
En el apartado 18.4 de LIS puedes ver como se debe valorar.
Espero que te sirva de ayuda.
Un saludo.
PD: La AEAT está muy pendiente y controla mucho este tipo de sociedades con operaciones vinculadas y mas si aparecen en el modelo 347.
