Entiendo que ella debería estar en autónomos también pues se entiende que posee el control efectivo de la sociedad:
"(...)Se presumirá, salvo prueba en contrario, que el trabajador posee el control efectivo de la sociedad cuando concurran algunas de las siguientes circunstancias:
- Que, al menos la mitad del capital de la sociedad para la que preste sus servicios esté distribuido entre socios, con los que conviva, y a quienes se encuentre unido por vínculo conyugal o de parentesco por consanguinidad, afinidad o adopción, hasta el segundo grado."
Otra cosa distinta sería en caso de que en lugar de una SL se tratase de un empresario individual (autónomo) que contrata a su cónyuge (con cuidado de poder demostrar siempre su condición de asalariado).