Mmmmm....
Creo que partes de una confusión (o tal vez es una forma de expresarte y que he entendido mal).
No se trata de que deje de que el exceso deje de considerarse como retribución flexible (que lo sigue siendo aunque sin las ventajas fiscales por ese exceso) y que por ese motivo incremente la base de cotización.
Dejando claro que actualmente la ventaja de la retribución flexible se reduce a la no tributación por el IRPF (hasta el límite de 500 de prima por asegurado y año en el caso de un seguro médico cuyo tomador es la empresa), las consecuencias que debe tener sobre la cotización es justo que no tenga consecuencias, es decir, que no altere las bases de cotización, de forma que continúen siendo las mismas que reusltarían si no existiera la retibución flexible.
En este sentido, esté dentro o no de un sistema de retribución flexible (es decir, asuma el coste exclusivamente al empresa o lo acabe repercutiendo al trabajador a cargo de su salario dinerario) un seguro médico cotiza desde el primer céntimo (es a efectos únicamente del IRPF que está exento hasta 500).
Por tanto, si el salario dinerario es 20.000 y además existe ese seguro médico de 550 de prima anual, si no se incluyera dentro de un programa de retribución flexible le esquema sería (importes anuales):
Salario dinerario: 20.000
Seg. Médico 550
Base IRPF: 20.050 (dineraria + especie, ésta última incluyendo únicamente el exceso de los 500)
Base SS 20.550
Peri si se seguro médico forma parte de un programa de retribución flexible, el esquema será:
Salario dinerario: 19.450 (la empresa repercute el coste a cargo del salario dinerario del trabajador, no sume un coste adiciuonal global por este concepto)
Seg. Médico 550
Base IRPF: 19.500 (dineraria + especie, ésta última incluyendo únicamente el exceso de los 500)
Base SS 20.000
Estamos partiendo de la bese de que el seguro médico solo existe en este segundo caso por ser contemplado dentrro de un programa de Retribucíón Flexible, de forma que de no existir dicho programa, la empresa no asumiria ese coste, simplemente no existiría ese concepto, por tanto, simplemente tendríamos una retribución dineraria de 20.000, y, por tanto, una bses de IRPF y de SS de 20.000.
Es decir, si intorducimos ese concpeto via retribución flexible, vemos que logramos reducir la base sujera al IRPF, pero la de SS queda igual.
De eso se trata.
Saludos