Los acuerdos de garantizar salarios en líquido siempre me han parecido un despropósito, y por muchos motivos.
En cualquier caso, como los salarios considerados a efectos de calcular la indemnización, y como ya se ha dicho, siempre se consideran en bruto, y estando así las cosas (vale, es un despropósito, pero te encuentras que la situacion es ésa y tienes que calcular la indemnización), entiendo que a estos efectos, deberas considerar por un lado los conceptos fijos de la última nómina, en su importe bruto, y el complemento a líquido se considerará a estos efectos como un concpeto variable, por lo que tendrás que sumar el importe percibido durante los últimos meses, en bruto, claro. Y con todo eso calcular el salario día y a partir de él la indemnizacion.
Saludos