Respecto a si nos ha pasado alguna vez... infinidad de veces (también depende de las pautas que tenga definidas la empresa y el rigor con el que las haga cumplir).
Es un tema, como se dice, muy casuístico. Como ya se ha dicho, en ocasiones puede ser algo contemplado por el convenio, en otras no, y cuando lo contempla, habrá que ver en qué términos lo hace y, además, la empresa puede tener ciertas pautas propias (siempre más generosas o flexibles que las que pueda contemplar o no contemplar el convenio de aplicación), además de que, a menudo, en la práctica estas cuestiones en muchos casos se suelen resolver con un poco de mano izquierda y sentido común.
Pero, conceptualmente, y si no hay otra previsión por parte del convenio, política o práctica de empresa, podríamos considerarlo como una ausencia justificada (al menos por el tiempo que haya requerido asistir al médico, valorando también si por la urgencia del caso, está también justificado que lo haya hech durante la jornada de trabajo, si le han podido prescribir algún tipo de resposo que justifique que, aún no habiendo finalizado la jornada, no regresara al trabajo... ahí ya dependerá de lo que quiera y pueda complicarse la empresa, ya que no simpre ese justificante contendrá toda esta información), pero no necesarimante retribuida, por lo que puede implicar recuperar ese tiempo (si tiene sentido) o descuento en nómina.
En todo caso, y a fectos de nómina, cotización, etc, no puede tener los efectos de una baja por IT, porque no lo es.
No sé si el médico que ha expedido el justificante es del serivcio público de salud y competente para emitir una baja. De serlo, cualquier documento que presente el trabajador que no sea una baja por IT propiamente dicha, podría entenderse como que la ausencia (a menos de todo el día) no está justificada (y contemplar, incluso, la posibilidad de medidas disciplinarias), puesto que si no me ve en condiciones para trabajar, lo que ha de emitir es la baja de IT propimente dicha y dejarse de justificantes o "recomendaciones", pero ya sabemos que una práctica habitual de estos profesionales es no emitir bajas por 1 o2 dias, inlcuso en casos en los que consideran que el trabajador no está en condiciones de trabajar (en base a una extendida leyenda urbana según la cual no se pueden emitir bajas por uno o dos días, leyenda que, por supuesto, es totalmente falsa).
Si lo ha emitido otro profesional médico (por ej del seguro médico privado...), ahí es que no puede hacer otra cosa. Lo único sería que emitiera un informe por el que el faculativo del serivicio público de salud le emita una baja (pero ojo, que por querer hacelo bien, a lo mejor esa prescrpción de 1 dia de reposo acaba en una baja por IT de 3 días o más, que esto también pasa).
En definitiva, que dependerá de las circunsntancias del caso y de la empresa (convenio...), insistiendo que estas situaciones a menudo se resuelven de manera informal. Lo único claro es que no se puede gestionar en nómina como una baja por IT.