Cleo, entiendo (y esa es mi opinión) que cuando se habla de asalariados se están refiriendo a trabajadores con una relación laboral común, máxime cuando distinguen entre fijos y no fijos. No es que los socios de las mercantiles, además de tener participación en las mismas, si trabajan, no puedan, a su vez, recibir una retribución salarial comparable que ya admite la AEAT, pero que el espíritu de la pregunta identificativa yo la entiendo de la forma que digo.
De cualquier forma, nunca he visto hasta ahora que se cuestione (ni en el IS, ni en la cuentas anuales del RM) nada sobre el tema, a no ser que clamorosamente se estén superando los límites establecidos para poder realizar el sistema normal, el abreviado o el de las pymes.
En cuanto a la forma de computar a los autónomos, no conozco a ningún socio que percibiendo un retribución por su servicios de la mercantil, (antes, durante o al final del año) deje de hacerlo temporalmente para después incorporarse nuevamente a percibirlos.
Sin embargo lo anterior, debo recordar, que existen en los modelos de las cuentas anuales varias fórmulas para el computo, dependiendo de si el trabajo es fijo o variable.
Con saludos