No necesariamente, salvo que de forma objetiva pueda tener sentido.
Si admitimos su naturaleza compensatoria (por el desplazamiento del domicilio al centro de trabajo) y no retributiva (por el tiempo de trabajo efectivo), el importe deberia ser indpeendiente de la jornada (el billete de metro me cuesta lo mismo vaya a trabajar 4 que 6 que 8 horas).
Aunque, como decía, si puede existir alguna base objetiva que lo justifique, se puede plantear. Por ej. en casom de jornada completa de mañana y tarde hago dos trayectos de ida y vuelta (voy a casa al mediodía) en cambio si la reduccion me permite trabajar de forma contonuada (sin esa interrupcion al mediodia) me ahorro uno de los desplazmientos de ida y vuelta