A ver..., puede ocurrir que el trabajador haya presentado la declaración, y que incluso haya incluido las retenciones que le debieron ser practicadas y que la empresa no le practicó (puede hacerlo, aunque eso de "las retenciones que la empresa debió practicarle" es tan relativo, pues influyen tal cantidad de variables, ya no no sirve calcularlo a saco en base a los ingresos y gastos globales del año y situacion personal al final del ejercicio...) o que no la haya presentado (y si tiene obligación de hacerlo, eso es responsabilidad sólo del trabajador).
Tanto en un caso como en otro, la empresa responderá ante Hacienda de las retenciones dejadas de practicar por parte de la empresa (y por culpa de la empresa, ya que pueden haber circunstancias personales del empleado de las que es obligación de éste informar a la empresa, e informar en plazo, para determinar la retención) y, a se vez, y aunque en la práctica puede ser difícil (sobretodo si el trabajador ya ha causado baja), la empresa puede repercutirlas al empleado.
Saludos