Yo creo que con el ejemplo que has puesto (nómina A) consigues el resultado esperado.
En su momento, cuando llevaba directamente nómina, era con A3 y me tocaba parametrizar estas cosas (en tema CRA ya no entro, que lo llegue a ver poco y hace ya tiempo) y creo que el esquema era similar.
Vamos a ver:
- estamos hablando de "retribución flexible", por lo que el coste del producto o servicio contratado se acaba repercutiendo al trabajador
- estamos hablando en este caso de un concepto en especie totalmente exento del IRPF pero que cotiza
- se repercute al trabajador a cargo de su salario dinerario (y entendemos que a cargo de la mejora voluntaria, aunque no le veo desglosada en el ejemplo de nómina que adjuntas. ¡Ojo con incluir todo el salario dinerario en un solo concepto y, además, llamarlo "salario base" que se puede confundir con el "salario base de convenio". En este caso ese descuento lo canalizas a través del concepto "Descuento guardería Ret. Flex." y que parece ser, por el los importes de las bases de SS e IRPF, que está parametirzado como que cotiza pero no tributa. En todo caso, es un descuento de bruto (del salario dinerario bruto) y que, aunque no vemos ese resultado final (ni tampoco aparece la retención del IRPF), se supone que tendrá un impacto real en el importe líquido a percibir de menor importe (el que implica el ahorro fiscal por ser un concepto exento de tributar)
- El concepto "Descuento en Especie" en A3 no es un descuento "real", salvo novedad (o problerma mío de memoria) es un descuento meramente operativo para que lo que no acabe sumando o incrementando el importe a percibir algo que solo es un valor, el valor del conjunto de concpetos en especie (en este caso solo esta el chque fuardería, pero si hay varios conceptos en especie ese concepto de descuento los incorpota todos). Se activa automáticamente a la que indicas que un concepto es en especie.
En resumen, se repercute el importe al trabajador (recordemos que es retribucion flexible, no un beneficio social a cargo de la empresa, pero que, para que esté exento, debe ser contratado por la empresa, siendo la obligada al pago ante el proveedor), pero, sin alterar las bases de cotización, se consigue rebajar la base sujeta al IRPF, por lo que se obtiene un ahorro fiscal que se corresponderá con la carga fiscal real del trabajador en cuestión (y que el porcenteje de retencion nos puede dar una idea, pero no necesariamente exacta, además de considerar que no solo se retiene sobre una base inferior sino que, en principio, se está aplicando un porcentaje de retención inferior, dada la progresividad del impuesto).
En fin, que parece que (a falta de ver resulado liquido final) lo tienes bien resuelto, al menos si, como parece, se cumplen las premisas indicadas.
Saludos
Disculpa, que revisando ahora los parámetros que indico para el concepto "Descuento guardería Ret. Flex." (y debo hacer un esfuerzo de abstracción, que hace ya unos cuantos años que no toco estas cosas, pero, como decía, también lo hacía con A3) debe estar parametirzado como que cotiza pero no tributa... a ver, al final ha de quedar claro el resultado final, esto es, que la base de cotización no quede alterada por los conceptos que corresponden a retribucion flexible (que puede ser uno, como en este caso, o varios) pero que sí se reduzca la base sujeta al IRPF, en la medida en que dichos conceptos estén exentos de tributar (en este caso, el cheque guarderia está totalmente exento, sin límites, salvo en el País Vasco, pero pueden haber otros conceptos paricialmente exentos o sujetos a límites, como seguro médico, vales-comida...).
En este sentido, hay que ver el conjunto de conceptos y cómo los tienes parametrizados (dejando de lado el "Descuento en Especie", que, como ya he comentado, es una particularidad de A3, un descuento automática de bruto en el que el programa te integra los importes del conjunto de conceptos en especie, que solo reflejan un valor, pero no propiamente un pago, de forma que se neutralice el impacto en las percepciones económicas reales. A la que marcas como un especie un concepto, sea por retribución flexible o no, A3 integra automáticamente ese importe, en negativo, en este concepto de descuento genérico para conceptos en especie).
Así, si el concepto "Cheque guardería" lo tienes parametrizado (además de como concepto en especie) como que cotiza pero no tributa (y que creo es como lo tienes), el concepto de "Descuento guardería Ret. Flex.", que, como hemos dicho, es un descuento que se le aplica al trabajador a cargo de su retribución dineraria bruta (siempre que tenga mejora volutaria suficiente o en su caso, esté por encima del SMI) cotizará y trubutará, pero, como descuento que es, en negativo (vaya, indicidrá en las bases, reduciéndolas).
De esta manera, respecto a la base de SS, como ambos conceptos cotizan, pero, y por el mismo importe, uno suma y el otro resta, la base queda igual, que de eso se trata, mientras que la base sujeta a IRPF, como el primero no suma (porque está exento) pero el segundo sí resta (ya que minora las percepciones dinerarias, que sí está sujetas), la base del IRPF quedará reducida justo por ese importe, que también es de lo que se trata (obteniendo el esperado ahorro fiscal. Recordemos, las percepciones brutas siguen siendo las mismas, cmabia el desglose, eso sí, menos dinerario más en espece exento, obteniendo un resultado liquido mayor, si sumamos en liquido fial en nómina con el valor del concepto en especie recibido).
En resúmen, que el concepto "Descuento guardería Ret. Flex.", si el de "Guardería retrib. flex", como imagino, lo tienes parametrizado que cotiza pero no tributa, lo deberás parametrizar (si no me esoy liando) como que cotiza y tributa

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En todo caso, al final, la prueba del algodón, de que todo lo hemos parametrizado bien, será ver el impacto en bases (SS e IRPF) y en resultado líquido final en nómina (que es lo que no vemos en el ejemplo que nos has puesto).
Saludos