Efrectivamente, aunque la norma no menciona expresamente el término "gimnasio", suele ser uno de los ejemplos que encuentras de las posibilidades que permite ese apartado.
Si repasas la norma (y veo que lo has hecho) verás el resto de ejemplos (vales-comida, seguro médico, conexión doméstica de internet, entrega de ordenador para uso doméstico, cheques guardería, etc, teniendo en cuenta las condiciones y límites que se marcan en algunos casos).
No es necesario que lo frezcas a todos los empleados. Simplemente, mientras rúnan esos requisitos y hasta los límites, en su caso, marcados, están exentos.
Ahora, cuidado, hablas de sistemas de retribucion a la carta. En la medida que, dentro de un programa de este tipo, acabes repercutiendo al empleado el coste de los productos o servicios proporcionados por la empresa la S.S. (que, por cierto, es juez y parte) entiende que eso no debe afectar a sus cotizaciones, por lo tanto no estarían exentos de cotizar, aunque a fectos de tributacion de momento Hacienda no lo cuestiona por este motivo.
Por último, poner tambien enfasis en algo que ya he dicho. Para que tengan consideracion de conceptos en especie (y, en su caso, total o parcialmente exentos) el olbigado al pago (respecto al proceedor) ha de ser la empresa. Si se trata de una subvención o reintegro de lo que está pagando directamente el empleado (por ej. el empleado contrata un seguro médico y la empresa simplemente le paga en nómina el importe equivalente a la prima que él paga directamente a la aseguradora) estaríamos habando de una retribución dineraria no exenta (para que fuese retribucion en especie, en el ejemplo indicado, el tomador de la póliza debería ser la empresa).
Un saludo