Hola:
En la nómina puedes poner el importe que quieras, pero sería más fiable que pusieras como mínimo, el SMI vigente. En cuanto a las retenciones, puedes calcularlas por el programa de Hacienda, o bien, si haces la nómina en un programa, te hace el cálculo automáticamente y normalmente ya tienen la opción de marcar que no tiene cotización a la SS y algún sitio donde poner lo que paga de autónomos mensualmente (o anualmente). Si haces el cálculo en el programa de Hacienda, tienes que tener en cuenta el pago de los autónomos como cotización a la SS.