Hola,
Queda claro que las situaciones concretas son innumerables.
En tu caso,
1º) Si lo despides, pasa a pago directo de la Mutua o del Inss (si no tuviera Mutua la empresa, que es difícil), siempre y cuando tuviera cotizados el trabajador, 180 días dentro de los últimos 5 años.
2º) En mi opinión, puede concederse la prestación al autónomo, si está cerrado; aunque tenga un trabajador en situación e IT. Si las Mutuas informan que conceden la prestación, incluso si el autónomo es a la vez trabajo por cuenta ajena (pluriactividad), se supone que lo fundamental es el "negocio cerrado". Y tú lo tienes.
En todo caso, puedes intentar contactar con la Mutua concreta, a la que presentarías la solic de prestación, a ver qué opina. Aunque están desbordados.
Salvo mejor opinión,