Si ha estado de baja IT y cobrando la misma en pago directo, no le corresponde el pago de SALARIOS DE TRAMITACIÓN (sin entrar en temas de complementos ni nada más), pero perdona Elchuske, pero si te corresponde el pago de la cotización, la prestación la cobra directamente, por lo que tu en TC no tienes ninguna deducción a tu favor y sigues teniendo la obligación de cotizar por la cuota patronal, por lo que si no lo has ingresado en el plazo que te dice aprendiz, pues está fuera de plazo y corresponde el 20% como te dice la inspección.
Saludos.