Si se trata de productos contratados directamente por la empresa (el proveedor factura a la empresa) y que ésta entrega o señala como beneficiario al trabajador, efectivamente, se tratará de conceptos en especie.
Ambos cotizan (íntegramente y hasta donde los topes de cotización permitan, claro).
Respecto al IRPF el vale guarderia está integramente exento (no hay límite) y el seguro médico está exento hasta el limite de 500 de prima anual, Si hay un exceso sobre ese importe, tributará el exceso.
Saludos