Hola,
Según entiendo se le dio de alta y al día siguiente cogió la baja médica. Si fue a trabajar el primer día, yo ni me plantearía anular el alta.
Sobre la baja en periodo de prueba, pues te arriesgas nulidad. No todos los ceses en periodo de prueba estando de IT son nulas, sólo si se demuestra que el cese fue por la situación de IT, lo que es parece más que evidente que en este caso ha sido así.
Si el empresario se empeña, que te firme un documento en el que, a pesar de tus consejos en contra, solicita que se le dé de baja por no superar el periodo de prueba...