Lo que tributará (y cotizará) no es lo que exceda del acuerdo inicial (salvo que el importe en el acuerdo inicial se correspondiera a la indemnización legal por despido improcedente), sino lo que exceda del importe de la indemnización legal por despido improcedente (o, pero no es el caso, si, sin superar ese importe, estuviéramos hablando de una indemnización superior a los 180.000€).
¿Esos 4.000€ iniciales se correspondia justo con la indemnización legal?
En todo caso, ¿has calculado exactamente la indemnización legal en este caso?. Es un ejercicio que hay que hacer (y con rigor) y de existir exceso considerando el importe finalmente abonado, ese exceso tributará (podrás aplicarle, eso sí, la reducción por rendimiento irregular o generado en un periodo superior al año, si el trabajador tiene una antigüedad superior al año, claro) y también deberás cotizar por él, de forma prorrateada (liquidación complementaria...) en los 12 meses anteriores y hasta donde los topes de cotización permitan.
Entiendo que lo que dices de los 4000 iniciales era si se correspondía con la indemnzación legal de 33 días por año. Porque podría corresponderse, a una indmenización de 20 días por año por despido objetivo y que, luego que luego al declararse improcedente el despido, la indemnización legal subiría de los 4000 a los 6600 euros, por lo que esos 2.600 de más también estarían exentos de cotización y tributación.