Yo entiendo que sí, ya que las pagas también se incrementarán cuando se publiquen las tablas salariales. O en el ejemplo que las tuviera prorrateadas, al aplicar el "a cuenta convenio", también lo aplicarías de esa parte y por lo tanto estaría reflejado en la base de cotización.
De todas formas, no creo que haya ningún problema cuando salgan las tablas salariales, actualices las pagas y pagues atrasos de esas pagas y por lo tanto ya estarías cotizando la subida de las pagas.
Salvo mejor opinión.