Si se trata de facilitar alojamiento a trabajadores desplazados por la empresa, por tanto, por motivos de trabajo, y el desplazamiento de cada uno de ellos individualmente no supera los 9 meses, está exento.
No estamos por tanto, ante una retribución en especie. 
Y tampoco se trata propiamente de gastos de manutención, sino de estancia.
En este sentido, y en caso de desplazamiento de trabajadores por motivo de trabajo, a nivel de compensación podemos distinguir:
-Gastos de estancia: puede ser en hoteles, pero también perfectamente en alojamientos facilitados por la empresa, ya sean de su propiedas o alquiler.  Estará exento el importe que se justifique. Si es un hotel, pues la factura del hotel, y si es un apartamento de alquiler, pues el importe del alquiler. 
- Gastos de manutención (comidas...): Si la empresa paga la factura del restaurante o local donde se han realizado las comidas, estará exento el importe justificado en factura. Si se pagan diestas, pues estarán exentas hasta los límites fijados legalmente (según se trata de dietas con pernoctación, medias dietas, en el extranjero...)
Y luego, en su caso, estarían los gastos de desplazamiento, con la regulación prevista, pero que parece no es ahora el caso.
Y siempre habrá que justificar el desplazamiento, claro.