Sí es posible -al menos, teóricamente- (es más, sería incluso posible obtener únicamente con el pasaporte comunitario obtener el NUSS y luego, proceder al alta en el RETA. En este caso, al disponer de NIE, por tanto, debería incluso ser "menos problemático"). Y es que la no inscripción en el RCE (aunque se haya incumplido la obligación de hacerlo para estancias a mayores a 90 días) no puede limitar de manera alguna los derechos de los ciudadanos comunitarios.
Sin duda, si "corre cierta prisa", intenta tramitar esos movimientos de afiliación, a ver si finalizan correctamente. Pero eso sí, totalmente recomendable que para evitar inconvenientes -p.ej., que la SS no aplique el criterio anterior, y llegue a cursar la baja de oficio-, que intente obtener cita previa para la inscripción en ese plazo (3 meses desde que figura "en el sistema" con NIE).