Buenas,
No termino de entenderlo, usted quiere abandonar la empresa (sus razones tendrá) y al mismo tiempo dice que tiene entendido que no la pueden despedir estando de baja medica, lo cual tiene matices, pero efectivamente no pueden salvo que la razón del despido sea distinta y puedan demostrarla, de lo contrario ese despido tendría muchas posibilidades de ser nulo.
Comunicar su dimisión depende de cuando quiera usted empezar a perder dinero, si esta de baja cobrara lo correspondiente a la prestación de incapacidad temporal que le corresponda (según el convenio puede incluso mejorar lo que aporta la Seguridad Social), sin embargo en cuanto usted dimita y pase el mes que marca de preaviso, su empresa efectivamente le liquidara lo que tenga pendiente (porcentaje de posibles vacaciones o pagas extras pendientes) y automáticamente usted tendrá que solicitar el pago directo en el INSS que le pagara la cuantía que cobraría estando en el paro y además descontando tiempo del mismo.
Si por lo que fuera la cosa se complicara y se le terminara el periodo de paro, ojala no sea así, pasaría a cobrar la cantidad correspondiente a un subsidio de desempleo.
Yo diría que es mejor pensarse muy bien este tipo de cosas y si lo que no quiere es volver a ese trabajo tras la recuperación presente la renuncia cuando vea que le van a dar el alta......