Puedes ponerlo con código 0001 ("Retribución no incluída en otros apartados").
No tienen porqué reclamarte nada. Por concepto, cotiza, pero hasta donde los topes permitan. Sucederá lo mismo con los casos que con el salario fijo estré por encima de topes. No va a coincidir la suma de concpetos incluídos en el CRA con las bases de cotización.
En fin, que no hay problema.
Saludos