Cotización tras una Conciliación

Buenos días

Tengo el siguiente caso:
En abril 2015 se dió de baja a un trabajador por agotamiento de IT ( sin finiquito)
En octubre 2015 se le concedió una incapacidad permanente.

Ahora hemos recibido papeleta de conciliacion reclamando pagas y vacaciones 2014/2015

La duda que tengo es como proceder a la cotizacion de las vacaciones en este caso, como debería hacerlo?
Muchas gracias
 
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