Si, me ha pasado mucho en el pasado, hasta que me di cuenta...
Me solía pasar cuando un empleado no trabajaba el semestre completo. El pago de la paga extra, por extraño que parezca, no era la suma de la cotizaciones mensuales de paga.
Lo que hice desde entonces fue crear un informe para puntear que el importe de la paga fuera igual que la suma de las cotizaciones de la prorrata mensual.
Lo pasado, no toqué nada. Pero desde hace unos 3 años lo hago así.
La diferencia me pasa habitualmente cuando la persona comienza a trabajar en mitad de un mes de 31 días.
Saludos