Yo hablaría con el cliente, para comentarle lo que ha pasado. Si el monto no es muy grande haría como ha comentado Último Hetero, ofrecerle incluirlo como un bonus en la nomina que toque, siempre consensuando también con el trabajador para evitar problemas.
Si la cantidad fuera algo a tener en cuenta haría también un acuerdo privado entre las partes indicando que se reconoce la cantidad X adeudada al trabajador, que se pagará mediante el concepto X en la nómina del mes X, y que ambas partes declaran no deberse nada a fecha.