Un error arítmético en la nómina no puede ser considerado una condición más beneficiosa y por tanto no genera la consolidación a la que aludes. Además imagino que le habrás pagado las pagas en los meses que corresponde, pero comprobar que ese sobre pago se hayan cotizado, si no es así se pondría de manifiesto todavía más el error.
Desde mi punto de vista corresponde notificación al trabajador del error y solicitarle el reintegro de las cantidades abonadas indebidamente y darle la opción de reintegrarlo con descuentos en nóminas sucesivos (el error es vuestro no vayamos a ahogar al trabajador). El último año lo recuperareis, pero el primero será en función de que alegue el trabajador la prescripción.
Saludos
