La empresa puede certificar que ha estado o está en una situación de excedencia temporal, cual fuere las causas para ello, para cualquier menester de origen laboral, pero entiendo no es procedente (pues ya se deduce o se desprende, que ni presta servicio, ni se le retribuye) a efectos de la AEAT certificar la carencia de retribución y retenciones, si no consta que se haya realizado. A nadie se le ocurriría pedirle a una empresa en donde no se ha trabajado ningún certificado de trabajo. Y si lo hace, bastaría solo negar la petición al afecto.
Saludos