Por encima de convenio puedes pagar lo que te parezca oportuno. La igualdad retributiva, y siempre estamos hablando de posibles diferencias salariales entre hombres y mujeres, debe darse entre "puestos de igual valor", y que no tienen porqué ser de necesariamente de la misma categoria, incluso grupo profesional (puede ser un referente, pero al final debe determinarse en base a un sistema de valoración de puestos de trabajo, con los requistos que contempla el RD 902/2020). Y lo que puede dar el mismo o diferente valor a un puesto de trabajo son un conjunto de factores, como cualificación, formación requerida, nivel de responsabilidad y otras exigencias de la tarea y, entre otras, también el desempeño.
Si existe una brecha superior al 25% (ojo, el ET habla entre hombres y mujeres, aquí parece que solo hablas de mujeres y para empresas de al menos 50 trabajadores) no es que nesesariamente sea anómalo, simplemente deberás justificar que no se debe a motivos relacionados con el sexo.
No le veo problema para que le pague ese complemento, aun siendo de la misma categoría (aunque tal vez pueda considerarse si realmente puede asignarle una categoría superior) , más allá del posible agravio comparativo (si es consciente de esa diferencia salarial con su compañera) qe sienta la otra trabajadora. Como ya he dicho antes, si ese mejor desempeño, actividad... no puede relacionarse con factores que pueden ser considerados como discriminatorios, aunque sea entre mujeres, pero por ejemplo por necesidades de conciliación... no le veo problema, al menos legal.
