Vamos a ver, en este caso, ten en cuenta que no hay obligacion de pagar al trabajador, sino de consignar la misma en el juzgado de lo social. Al no tener que pagar directamente al trabajador, pues, entiendo que no has de retener nada. Seria el juzgado en todo caso el que lo hiciera, a instancia de la entidad embargadora.
Ademas, la indemnizacion no se considera salarios a efectos de escala indemnizatoria, sino credito a medio o largo plazo, con lo que, en todo caso, te tendria que llegar notificacion para embargar dicha cantidad en concreto (en caso de que quisieras pagar directamente al trabajador), con lo que tampoco entraria en juego, en ese caso, embargar la indemnizacion.