No le veo problema llevar a cabo un despido disciplinario y abonando la indemnización legal (bueno, si se trata, por ej, de una trabajadora embarazada o con reducción de jornada legal y, por la antigüedad, la indemnización legal es calderilla, se puede presumir que existe fraude, para cobrar la prestación de desempleo, básicamente).
Eso sí, se reconoce la improcedencia y el pago de la indemnización en conciliación (entre otras cosas, la indemnización estará exenta del IRPF).
Pero vaya, que es de lo más habitual. De hecho, conseguir un despido disciplinario procedente, incluso existiendo causa suficiente, es de lo más complicado, por tanto que sea improcedente, reconociendo la propia empresa la improcedencia y abonando la indemnización legal es de lo más habitual.
Y a efectos de cotización estará exento, claro (pero para el IRPF, lo dicho, cerrar en conciliación)
Saludos.