Entiendo que está trabajando y percibiendo ingresos simultáneamente de dos empresas, aunque del mismo Grupo. En ese caso, el criterio de Hacienda (juez y parte) temo que es así, considera que hay dos pagadores.
En cambio, si lo que se produce es una subrogación, por ej, paso de una empresa a otra, como si se tratara de una sucesión de empresas, en ese caso sí que se considera que, a efectos fiscales, únicamente ha existido un pagador.
Saludos