Tienes que marcarlos como jornadas trabajadas, que en realidad son jornadas "previstas". En el mismo calendario, debería de reflejarse así.
Te dejo ejemplo de SAGE 200C, trabajador con día de trabajo el 06/02/2024 y baja por paternidad el día 10/02/2024 + fin de actividad el día 22/02/2024.
Lo que refleja SILTRA y afiliación en notificación de jornadas