En el caso que comentas, es decir, que no se ha aplicado la especialidad contable establecida en el art. 4 del RD 1515/2007 para microempresas -por imposibilidad o decisión-:
Se da de baja el activo y el pasivo en su momento reconocido, los cuales habrán ido "disminuyendo", respectivamente, por la dotación de la amortización y los pagos correspondientes al principal del préstamo.
Esta última cuantía -esto es, el saldo vivo de la deuda pendiente-, debido al método del TIE que se debió aplicar en el momento de registrar contablemente la formalización de la operación, coincidirá irremediablemente con la "cuota de adquisición" que tendría que satisfacerse la cual, según indicas, ha decido no ejercerse-.
Ahora bien, si la amortización practicada -por el motivo que fuese- hiciera que no cuadrara el apunte (porque ambos importes entre sí no toman el mismo valor), se deberá imputar a la cuenta de pérdidas y ganancias, como un ingreso (si el valor contable del activo financiado es menor que la deuda pendiente) o un gasto (si es mayor), debido a la NRV 7ª-1.2-3er párrafo y 2ª-3 del PCG-Pyme (suponiendo que lo adquirido es un inmovilizado material al que no se son de aplicación las especialidades de la NRV 3ª).