Hasta hace unos años si la sustitutiva la presentabas modificando la declaración directamente en la web, no enviando la declaración "de nuevas", no sancionaban.
Doy fe que un año (hace ya cuatro o cinco) tuve que modificar casi todos los proveedores de un cliente. Y no sancionaron ni dijeron ni mu.
Pero ahora mismo no me atrevo a decirte que sea igual. De todos modos si vas a hacerlo, hazlo como te comento, a ver si hay suerte y siguen igual...
Sino, es como te dice Leovigildo.