Tranquilo, todo tiene la pinta de que es correcto y que vas a cobrar lo pactado, aunque con un simple "desfase" por la propia operativa de la nómina conforme a lo que esté previsto por convenio.
Las pagas extras pueden ser de devengo semestral (y siempre pensando en que sean dos al año) o anual. Esto suele venir definido por convenio y, probablemente, el de aplicación en tu empresa, fija el devengo anual.
Cuando es semestral no suele darse el "desfase" que comento, ya que, por ej la paga extra de verano lo devengas se enero a junio y la de diciembre de julio a dicimebre. Es decir, casa mes devengas 1/6, pero de una sola paga. Si estas de alta todo el año cobrar las 12 pagas mensuales + las 2 pagas extras, esto es, el salario anual pactado.
Pero si son de devengo anual, devengas cada mes 1/12 de cada una de las pagas (en este caso 2). Es decir, 1/12 + 1/12, que equivale también a 1/6 cada mes, pero, como verás, hay un "desfase" (correcto) en el momento del pago. Y es que, normalmente, la paga de verano se devenga desde julio del año anterior a junio del año en curso, y la de diciembre, de enero a diciembre del año en curso.
Esto quiere decir que si te incorporaste en octubre del año pasado has devengado 9/12 (o el equivalente, 2/3) de la paga de verano (cuento octubre como 1/12, pero podría ser una fracción de esta fracción si no estuviste de alta el mes completo). Igualmente, se supone que de la paga extra de diciembre del año pasado debiste percibir 3/12 (u 1/4, fraccion equivalente y, vuelvo a repetir, estoy considerando el mes de octubre completo).
Puedes pensar que no es justo que, estando de alta desde inicio de año (de hecho, desde finales del año pasado) no hayas cobrado esta primera paga extra íntegra (la de diciembre si lo será) y que al final de año habrás cobrado algo menos que el equivalente al salario bruito anual pactado, y, efectivamente, así será, pero tenemos que distinguir lo que es "devengo" de lo que es "cobro". Tú habrás devengado el salario anual pactado, pero en cuento al cobro... ten en cuenta que desde julio (hay que confirmar, repito, devengos de las pagas extras en tu empresa/convenio, pero tiene pinta de que va por ahí) ya estás devengando la paga extra de verano de 2025. Si, por ejemplo, causaras baja de la empresa justo a final de esta año, además de haber cobrado durante este año las 12 nóminas mensuales completas, la parte proporcional (aprox. 3/4) de la paga de verano y la paga extra de diciembre íntegra, en la liquidación de deberían incluir la parte porporcional de la paga de verano de 2025 ya devengada, esto es 6/12 (u 1/2), aunque no estés ningún día de alta en 2025 (pero es lo que habrás devengado desde julio de este año).
Por tanto, de hecho, acabarías cobrando incluso más que el equivalente al salario anual pactado, puesto que estamos hablando de 12 pagas mensuales + 2/3 de la paga de verano 2024 + la paga completa de diciembre 2024 + 1/2 de la paga de verano de 2025, es decir, en total 14,25 pagas (o 14 pagas + 1/4 de otra). Ese 1/4 "de más" compensa que en diciembre de 2023 cobraras 1/4 de a paga, en lugar del 1/2 que hubieras cobrado si el devengo fuera semestral.
En resumen, devengas justo lo pactado. El cobro... si las pagas extras están fijadas en el convenio como te digo, acabarás cobrando lo devengado (por tanto, lo pactado) pero con el "desfase comentado".