Entiendo que te refieres a casos en los que se produce un cambio de salario durante el periodo de devengo de la paga extra, cosa que puede suceder también dentro de un mismo año o ejercicio.
Por regla general la paga extra se calculará en función o ponderando el salario vigente en cada momento durante todo el periodo de devengo. Si el cambio ha coincidido con el inicio de un mes, pues habra que ponderar el salario vigente en cada uno de los meses. Si ha sido durante un mes, se podrá hacer algo similar pero considerando los días comprendidos dentro del período de devengo, de forma que el cálculo podere el número de días con un salario y el número de días con el otro salario.
Ahora, también puede ocurrir que el convenio o política de empresa (siempre que ello implique una mejora porque el nuevo salario sea más alto, claro) contemple que el cálculo se haga considerando únicamente el salario vigente al final del periodo del devengo, aunque éste haya podido ser revisado a lo largo de dicho período, incluso justo al final (cosa que, por ejemplo sucede en mi empresa) o el vigente en el momento del pago si éste queda fuera del período del devengo (aunque de esto último no conozco ejemplos concretos).
Eso sí, en éstos casos hay tener en cuenta que el importe finalmente devengado debe coincidir con el globalmente cotizado. Como sabéis, la cotización se hace de forma prorrateada mes a mes, con lo que si existen meses en los que se cotizó considerando un salario anterior (más bajo) habrá que presentar una liquidación complementaria por las diferencias. Si resulta que ya conocemos el nuevo salario aun no vigente pero que será el considerando para calcular en su totalidad la paga extra será cuestión de ver si el programa de nomina permite parametrizar ese cálculo de la prorrata a cotizar mensual mensualmente o bien deberemos forzarla si queremos evitar la liquidación complementaria.
Saludos