No, si respecto al exceso sobre el limite exento del kilometraje, yo tampoco lo incluyo, eso lo tengo claro y precisamente por ello lo pongo como ejemplo de que esa correlación "cotización/salario" no es absoluta (bueno, y si resulta que es un km ficticio para encubrir un salario, eso ya es otra historia, claro).
Por ello, el determinar si incluyo o no el plus de transporte en el cálculo de la indemnización no se reducirá a una mera comprobación de si cotiza (total o parcialmente) o no.
Respecto al plus de transporte, simplemente que quede claro el matiz. Como tú ahora dices, será difícil que pueda ser considerado salario, pero es algo que debe ser analizado en cada caso.
Por cierto, el que esté previsto en el convenio o bien en pacto individual creo que la única relevancia que tiene (al menos así genérica y epxresamente prevista por la norma) es respecto a la necesidad o no de justificación, pero a efectos de cotización (y ya hemos dicho que el que cotice o no no determina, al menos de forma absoluta, el que tenga o no naturaleza salarial y, en base a eso, incluirlo o no en el cálculo de la indemnización).
En resumen, el plus de transporte NORMALMENTE no se incluirá en el clalculo de la indemnización, pero será una cuestión que habrá que analizar caso a caso y más alla, de la mera denominacion que reciba, de su inclusión o no en el convenio o de si cotiza o está exento. Al final habrá que verificar cuestiones tales como: "¿se devenga en vacaciones?" (salvo que sea una mera prorrata de un importe anual fijado en base a jornadas de trabajo efectivo), si le respuesta es "si", podemos entender que tiene naturaleza salarial.
"¿lo percibo estando de baja por enfermedad, maternidad, permisos, etc?" idem.