Bueno, las aclaraciones que indicas al respecto introducen más de un matiz.
Si no entiendo mal, el plus de distancia forma parte de la base de cotización. Hay que suponer que no en su totalidad, por que hasta el 20% del IPREM del importe de este plus, en su conjunto, esta exento de cotización. Entonces, podría darse el caso de que si el empresario, por convenio colectivo, estuviera obligado a complementar el 100% de las retribuciones que forman parte de la base de cotización.
Ahora bien, lo que no parece muy lógico, es que durante unos meses se perciba (salvo error en la elaboración de la nómina) y después deje de pagarse.
Respecto de la base de cotización diaria, es la misma durante el proceso de It, independientemente de que se perciba o no el plus.
Espero que te sirva de ayuda.
Saludos.